江南水师学堂又称南洋水师学堂、江宁水师学堂。光绪十六年（1890年）11月16日开设，校址在南京下关仪凤门内，占地45亩。主要为南洋水师输送人才。

学堂设总办一人；提调、监督、文案等职员十余人；中外籍教习十余人；附属工厂工人及乐队、杂役等60余人。学堂制度参照天津水师学堂，分驾驶、管轮两科，每科又分头、二、三班，每班派一教员专课。课程分堂课、船课。学生入学后进入三班，专门学习英语等基础知识，升入头班后方才教习专业知识，包括天文、海道、御风、布阵、修造、汽机、演放水雷等。学生还必须学习《左传》、《战国策》、《孙子兵法》、《读史兵略》等中国传统军事名著，以积累军事战略思想。学校有六员汉文教习，定期给学生上课.

学生的津贴费及膳宿、衣靴、书籍、文具等生活、学习用品由学堂供给。学堂规定新生要经过考试、体检、试学三关；还需由亲属出具干结及绅士保结，声明系身家清白、并非寄籍外国、不信异邪教等；学习期间不得自行告退和婚娶，若聚众滋事或畏难逃学，给予开除外还要追缴津贴费。

每隔若干年，由海军提镇率学生乘练船下外洋实习，途中对学生进行考核，分记等第。全程学习共6－7年，毕业生择优送英国留学。该校原定学生为120名，但学堂成立后，因缺乏练船，不能满足学生实习需要，遂逐年裁减学生名额。直至光绪二十五年（1899年），两江总督刘坤一遵旨规复原定名额，并添设“寰泰”练船一艘，以供学生出洋实习。

江南水师学堂较福州船政、天津水师学堂为后起，但办理颇积极，毕业生或送往日本留学，或往英国军舰实习，造就人才颇多。至清朝覆灭，江南水师学堂共毕业驾驶班七届107人，管轮班六届91人，鱼雷班（由江南鱼雷学堂并入）五届13人。毕业生中著名人物有：林建章、杜锡圭、陈季良、陈绍宽、赵声等。另外周树人（鲁迅）、周作人兄弟也曾在江南水师学堂就读，鲁迅于1898年入管轮班，不过那时的江南水师学堂早已腐败、破落不堪了。